Para subir los mapas al servidor lo mas sencillo es usar FTP y seleccionar los archivos que se desean subir (para conectarte vía FTP puedes ver el tutorial).
Ten en cuenta que debes conocer la ubicación en la que deben ir los archivos, de lo contrario no funcionará.
Iremos al panel de control y buscaremos el nombre del mapa o de los mapas que queremos (en la carpeta maps del directorio raíz) y los anotamos en el archivo maps.ini, este archivo esta en:
addons > amxmodx > configs > maps.ini. Con click derecho desplegamos el menú y seleccionamos editar, aquí agregamos el o los mapas (el orden que tengan aquí sera el orden en el que aparecerán en el menú de amxmodx).
Una vez que hicimos esto nos aparecerá en el menú de AMX Mod X, si no es así prueba cambiar a cualquier otro mapa para que se actualice la lista o puedes reiniciar el servidor.